Fauna
Fauna Českého středohoří není zdaleka tak podrobně prozkoumána jako flóra. To je dáno především obrovským druhovým bohatstvím zejména bezobratlých živočichů, z kterých mnohé druhově velmi početné skupiny se nacházejí teprve v počátečních stadiích poznání (např. blanokřídlý hmyz). Ještě v nedávné minulosti se běžně předpokládalo, že zvířena Českého středohoří se od přilehlých území zdaleka tolik neliší jako rostlinstvo. Tento předpoklad je možné uplatnit zejména u obratlovců, obdařených často velkou pohyblivostí, např. u ptáků a velkých savců. Specializované průzkumy posledních dvaceti let zaměřené na různé skupiny bezobratlých živočichů však prokázaly, že fauna Českého středohoří je přinejmenším stejně bohatá a jedinečná jako je tomu u flóry, a že mezi všemi ostatními velkoplošnými chráněnými územími České republiky v tomto směru zaujímá podobně výjimečné postavení jako třeba CHKO Pálava nebo CHKO Křivoklátsko. Příčiny tohoto stavu jsou v podstatě shodné s příčinami uvedenými v prvním odstavci kapitoly „Flóra“. K tomu je možné doplnit, že také ledové doby obohatily faunu Českého středohoří o severské, chladnomilné organismy, které se po následném oteplení a ústupu kontinentálního ledovce v tomto nízko položeném území udržely dodnes (tzv. glaciální relikty = pozůstatky ledových dob), a to díky existenci velmi specifických (vyhraněných) biotopů jako jsou např. podmrzající sutě. Ke zvláštnostem tohoto území náleží často společný výskyt teplomilných druhů středomořského původu a chladnomilných, ve střední Evropě horských druhů původu severského. Řada taxonů (druhů nebo poddruhů) bezobratlých živočichů je v rámci České republiky dosud známá jen z tohoto území, z nich některé jsou dokonce endemické, tj. pouze v Českém středohoří se vyskytující. Řada taxonů bezobratlých byla z Českého středohoří také popsána jako nových pro vědu. Po této stránce jde bezesporu o jedno z nejvýznamnějších území v České republice.
Podobně jako u rostlinstva také k současnému stavu fauny Českého středohoří přispěl významnou měrou člověk. Odlesňováním a souběžným zakládáním polí, pastvin, sadů, vinic a lomů způsobil nebývalé rozšíření druhů původně vázaných na plošně velmi omezené přirozené bezlesí (stepi, skalní stepi). Na druhé straně zásahy do vodního režimu (budování zdrží a úprava břehů vodotečí, odvodňování), nadměrné užívání chemických prostředků v zemědělství a lesnictví, převádění listnatých lesů na cizorodé, především jehličnaté monokultury aj. vedly k často drastickému snížení biologické rozmanitosti (biodiverzity), spojené v některých případech i s úplným vyhynutím stenotopních (na jediný typ biotopu vázaných) nebo na chemismus prostředí citlivých druhů živočichů.